En tierras carnotanes, a lo largo de su geografía, encontramos numerosos restos prehistóricos como petroglifos, lo que indica que la historia de este pueblo comenzó hace muchos siglos. 

Algunos estudiosos afirman que el topónimo Carnota precede a la palabra celta  carn  o  maíz  que significa “piedra”. 

El topónimo de Pindo hace coincidir a varios autores con un origen griego, pues en la antigua Grecia existía una montaña que correspondía al mismo nombre. 

De la etapa castrexa encontramos dos castros situados en Mallou y Lira. En la Edad Media se construyeron fortalezas para frenar las incursiones de las que era objeto, y posteriormente fueron demolidas por las revueltas irmandi y nunca más reconstruidas. 

Las fortalezas estaban empotradas en las parroquias de Lira y O Pindo.

La capital del municipio inició su andadura en el siglo XVII, cuando surgió el núcleo de Carnota y durante mucho tiempo rindió homenaje en especie a la Iglesia de Santiago. 

La capital del municipio tiene el título de villa desde 1900.

A principios del siglo XIX, durante la Guerra de la Independencia, sufrió constantes saqueos por parte de los invasores franceses y la quema de los archivos parroquiales, lo que supuso la pérdida de gran parte de la documentación histórica.

En general, su historia está muy ligada al mar, que fue la base fundamental de su economía y que marcó la fisonomía de las gentes dando un carácter amable, solidario y acogedor a las personas (como muestra el naufragio de George C, Aries y en la catástrofe del Prestige). Debido a la valiente acción llevada a cabo por los habitantes, se reconoció el título de “Muy Humanitario” al salvar a la tripulación del barco “Ariete”, que encalló en las costas de Lira. El hecho tuvo lugar el 25 de febrero de 1966.