San Sebastián de los Reyes fue fundada en 1492, tras la huida en 1488 de treinta y dos vecinos de la localidad de Alcobendas que se establecieron en cabañas alrededor de la ermita, que estaba en terreno propiedad del Concejo de Madrid.

El motivo de la huida de los mismos fue la presión a la que se veían sometidos por parte del señor feudal Juan Arias de Ávila, señor y futuro conde de Puñonrostro.

Reyes Católicos.

Para favorecer un mayor poblamiento de los territorios de realengo, es decir, que dependían directamente de la Corona, permitieron la fundación de la nueva población. Junto a una ermita cercana dedicada a san Sebastián, situada dentro de los límites de la Villa de Madrid y, por tanto, bajo jurisdicción real. 

Así, al amparo de dicha ermita y por el apoyo directo de los reyes de Castilla y Aragón, tomó su nombre. 

Toma carta de identidad definitiva en el año 1492.

La denominación «de los Reyes» tan solo cambió en una ocasión por la de «San Sebastián de la Soberanía», de acuerdo con un bando de efímeros efectos, en plena Revolución de 1868.

Cuando la Corte real llegó a su residencia en Medina del Campo expidieron una Real Cédula que data del 2 de mayo de 1492.

Ya el 24 de agosto de ese año se presentó una súplica al ayuntamiento madrileño para que les señalaran los lugares donde vivir y hacer vecindad. Lo que se nombró posteriormente a los regidores Pedro Zapata y Luis Alcalá, al comisario Lodeño y al alcaide de El Pardo para que indicaran los lugares donde deberían construir sus hogares.

Juan Arias.

Volvió a presentar problemas, pero Madrid acudió al juez del término, el licenciado Francisco de Vargas, para que los defendiera y pudieran seguir adelante con la construcción de sus hogares.

Todas las cesiones territoriales que se hicieron constan en archivos documentados del Ayuntamiento de Madrid.

Tras las concesiones, el día 10 de enero de 1493 Pedro García Retamo y Diego Fernández de Guadalix fueron nombrados alcaldes, mientras que Alonso de Paredes recibió el cargo de alguacil. 

Pedro Gómez, de Alcobendas, fue requerido como escribano y notario público en la nueva población y bajo pena de pérdida y privación de su oficio, además de la consiguiente multa de 10 000 maravedíes. Ese mismo día el sitio adquirió el título de municipio.